政府持續停擺，全美多個機場因為空中管制人手不足，令航空交通大受影響。代表多間航空公司的美國航空協會表示，上月有16%航班因為機場人手短缺而延誤，比以往約5%倍增，影響超過320萬人次旅客。交通部長達菲（Sean Duffy）表示，如果官員認定航空安全存在危險，那麼他將關閉全國領空。
據彭博社報道，達菲指出，美國目前還沒有到那一步，但政府停擺確實令航空系統面臨更大風險。自10月1日政府停擺以來，空中交通管制人員短缺問題日益嚴重，聯邦航空管理局（FAA）上周不得不放緩許多機場的空中交通。
代表美國航空、聯合航空、西南航空、達美航空、捷藍航空和其他主要航空公司的美國航空協會（Airlines for America）3日表示，自政府停擺以來，已有超過320萬名乘客受到影響。這些延誤讓外界對美國航空公司能否準確預測運力、抓住即將到來的關鍵假期旅行旺季產生了質疑。協會表示，10月份延誤的航班中，有16%是由於人員配備問題引發的，高於政府「停擺」前通常為5%的數值。該協會補充稱，僅10月31日一天，全美逾5600架次航班延誤、500架次航班被取消，超過30萬旅客受到影響，這是自政府「停擺」開始以來受影響最嚴重的一天。
政府「停擺」，大量聯邦僱員被迫停薪休假，但空中管制等一些關鍵崗位僱員仍需「無薪上崗」。10月28日是美國空管人員的發薪日，約1.3萬名空管人員和5萬名美國運輸安全管理局職員沒能按時拿到全額薪資。30多天沒有拿到薪資，「空管人員壓力大且疲憊」。不僅如此，在政府「停擺」前，聯邦航空局就已在處理空管人員缺口至少達3000人的難題。許多空管人員在「停擺」前就已被迫超時工作。
由於機場人手不足，剛剛過去的周末，多個城市包括休斯敦、芝加哥、達拉斯的國際機場，分別有數十航班受延誤。旅客德夫卡爾表示︰「由於我們錯過原本航班，所以提前兩個半小時來到。人龍排到外面，我們可能要等五至六小時才可進入機場。」FAA在2日晚間一度暫停飛往紐約附近紐瓦克自由國際機場的航班。航班追蹤網站Flight Aware數據顯示，這一問題導致該繁忙樞紐機場約9%航班被取消，36%航班延誤。
美國旅行協會（US Travel Association）及數百家旅遊相關企業和組織在3日致函國會，稱政府停擺已使美國旅遊經濟損失超過40億美元：「隨著感恩節——一年中最繁忙的旅行季即將到來，若停擺繼續，後果將立刻顯現，並將讓數百萬美國旅客切身感受到影響。」
