儘管特朗普與內塔尼亞胡在對伊朗戰爭中保持密切溝通，但分析認為，兩國在戰爭「終局目標」和風險承受程度上可能存在分歧。
在能源問題上，美國更重視穩定全球油價，而以色列曾襲擊伊朗石油儲存設施，引發美方不滿。白宮已要求以方未來相關行動需事先獲得批准。
特朗普政府內部官員認為，美國更傾向於在實現核心軍事目標後結束主要行動，包括削弱伊朗導彈、核項目、海軍能力及其代理人網絡；而以色列則更關注通過高層暗殺等手段推動政權更替。一名白宮官員表示，「以色列的關注點不同，我們是清楚的」，並稱以方「更傾向於針對伊朗領導層」。
據每日經濟新聞綜合報道，以色列國防部長卡茨18日稱，他和內塔尼亞胡共同決定，授權以軍無需獲得批准即可打擊「任何伊朗高級官員」，「所有伊朗人都是打擊目標」。伊朗外交部長阿拉格齊18日晚在社交媒體發文表示，以色列毫不顧及將其「令人髮指」的暗殺手段常態化所帶來的後果，而國際社會不應持雙重標準，不應對以色列這一「魯莽行徑」置之不理。
美國內部對此次戰爭動機的質疑聲不斷。美國國家反恐中心主任喬．肯特17日就以辭職的方式反抗對伊朗軍事行動。分析指，從當前的形勢發展而言，很多人認識到美國濫用武力並沒有達到預期目標，反而可能會深陷泥潭。共和黨內部也有很多人敢怒而不敢言。美國中期選舉定於今年11月舉行，屆時將改選眾議院所有席位和參議院1/3席位。在當前黨派分歧日益加劇的情況下，共和黨若失去參眾任何一院多數地位，都將影響特朗普後續執政。如果現在美國政府進一步延續軍事行動，那麼特朗普的基本盤——贊成「讓美國再次偉大」理念的這些支持者，可能會發生分裂。