中國自然資源部聯合海南南沙珊瑚礁生態觀測研究站等機構共同發布調查報告，指黃岩島珊瑚礁生態系統狀況總體良好，魚類和大型底棲無脊椎動物種類豐富，但有關國家的侵闖活動對黃岩島生態系統健康造成了不利影響。

《報告》基於船舶走航、潛水調查、衛星航空遙感、原位觀測等方式，結合歷史資料分析，對黃岩島珊瑚礁進行調查評估，顯示生態系統狀況總體良好，分布有造礁石珊瑚13科36屬135種，珊瑚礁魚類和大型底棲無脊椎動物種類豐富；潟湖北部分布有連片繁茂海草，面積約1.85平方千米。黃岩島國家級自然保護區範圍內造礁石珊瑚平均覆蓋率高達38.8%，是眾多珍稀瀕危野生動物繁衍棲息的重要場所，分布有綠海龜、玳瑁、番紅硨磲、長硨磲、法螺、虎斑寶貝等國家一級、二級保護野生動物共94種。

「黃岩島現有良好的生態環境和豐富的生物多樣性，與2012年實施有效管控以來排除密集人為活動干擾，進而促成其實現生態系統的自然恢復與動態平衡相關。」自然資源部南海局南海生態中心正高級工程師呂意華表示。不過近年來有關國家非法捕撈和頻繁侵闖活動對黃岩島生態系統健康造成了很大威脅。

自然資源部南海局南海生態中心正高級工程師熊小飛稱，有關國家頻繁組織船舶侵闖黃岩島海域，2025年9月黃岩島國家級自然保護區設立後，侵闖活動仍在持續，每次侵闖帶來的棄置物和污染物排放都對黃岩島生態系統健康造成了不利影響，同時加大了船舶觸礁、碰撞溢油等風險。

《報告》還表明，1960年代至1970年代有關國家在黃岩島海域開展投彈訓練等非法軍事活動和破壞性漁業捕撈，對黃岩島珊瑚礁造成了破壞。與此同時，全球氣候變化導致的海表溫度異常升高、熱帶氣旋襲擊等也都對黃岩島珊瑚礁生態系統健康也造成了一定的脅迫性影響。