聯盟號以其高度可靠,經常用於太空載人任務,但聯盟號系列太空船早於蘇聯時期服役,曾分別發生兩次意外,導致4名太空人殉職,後來經不斷改良,太空船的性能與安全水平提升。
蘇聯自1962年開始研發第一代聯盟號太空船,並著手研究載人飛行回收,可惜首次載人任務便鎩羽而歸。1967年4月24日,蘇聯的聯盟1號實施第1次載人飛行回收任務。蘇聯空軍上校科馬羅夫(Vladimir Komarov)乘上太空船成功升空,但重返地球期間卻因降落傘系統發生故障,隨太空船墜毀而死亡。
1971年6月30日,聯盟11號返回艙進入大氣層期間,因艙內門閥受損,導致船艙泄漏空氣及失壓,艙內3名太空人多布羅沃利斯基(Georgy Dobrovolsky)、沃爾科夫(Vladislav Volkov)和佩茨阿耶夫(Viktor Patsayev)因缺氧及暴露在真空中死亡。聯盟號著手改良太空船降落及救生系統,並要求太空人需在艙內穿上太空衣,而這些改良在後來的事故中得到驗證。
1975年4月5日,蘇聯發射載有兩名天空人的的聯盟號太空船,惟在在發射段拋走整流罩後,由於運載火箭控制系統故障導致火箭姿態失穩。火箭發出「應急」指令,在當圈返回時實行應急救生程序,太空人乘返回艙安全著陸。
2018年8月29日,美國太空總署(NASA)表示,發現聯盟號連接太空站有一處直徑約為2毫米微裂縫,導致氧氣泄漏。當時俄羅斯人員利用密封膠封住裂縫,並未影響太空站及太空船運作。
聯盟號之所以能在太空交通上繼續扮演重要角色,其FG型運載火箭是關鍵原因。它的3個火箭段都是使用液態氧和煤油混合的高效能燃料。此外火箭有4個繫式助推器(可在燃料用罄後拋棄),以及發射中止系統。它在緊急情況下能幫助太空人逃生。這個系列的太空船多年來運作十分順暢,且有出色表現。例如2013年5月29日的遠征36(Expedition 36)任務中,它僅用5小時39分鐘飛抵抵達國際太空站,刷新世界紀錄。