三藩市加大傳染病學家邱華彥。                                               UCSF
三藩市加大傳染病學家邱華彥。 UCSF

三藩市加大傳染病學家邱華彥(Charles Chiu)一星期多前檢視他實驗室的基因組定序結果,以找出英國變種病毒株B117,但反而發現一種他僅見數次的罕有病毒株,佔其樣本25%,意味加州面對新的敵人。

邱華彥團隊是首支報告現在加州稱為L452R的新病毒株,但數日後洛杉磯雪松西奈醫院(Cedars-Sinai Medical Center)另一批科學家亦報告,同一種病毒株現在佔洛杉磯逾三分之一確診病例。

邱華彥等科學家表示,這些發現突顯全州以至全美增加基因組定序(genomic sequencing)的迫切需要。雖然加州有能力做這方面的實驗室比不少國家多,卻缺乏所需協調配套迅速確認新病毒株和判定它們是否風險。

在美國確實如此,定序工作量遠遠落後於每座主要國家,且缺乏經費和全國領導改善。當美國致力在病毒出現更多變種前讓最多人接種之際,科學家要理解他們正面對甚麼是相當關鍵。

邱華彥直言,沒有大規模監察下,每位嘗試控制疫情的人像是「盲頭烏蠅」一樣做事。

基因組定序用於判斷組成病毒的化學建構組元順序。當病毒複製時,那些建構組元就會轉變,即是變種。基因組定序讓科學家確認那些變種,提供類似病毒的遺傳指紋分析。

這是重要有多個原因︰基因組定序助科學家和公衛官員理解病毒如何從分子水平運作,亦有助傳染病調查人員追蹤病毒是否正在擴散中和確認爆疫,亦可通報當局病毒的變種,改變病毒行為,如更具傳染或減低疫苗效力。

最後一項特別重要,但講求提高全國監察行動,要頻繁為全美各地隨機樣本進行基因測試。英國已有類似做法,測試一成病例。但美國測試病例少於1%,故國內科學家促請當局加強這方面工作。

加州的基因組定序網絡協調鬆散,僅少數實驗室提供結果,但對哪種樣本被抽取和如何通報少有指示。大部份做基因組定序的實驗室不是專注於涉及定期篩檢病毒變種的監察,而是分析具體病例和爆發。

三藩市朱克伯格夫婦生物化驗所(Biohub)和三藩市加大用他們已取得的撥款進行基因組定序。但Biohub聯合所長迪里西(Joe DeRisi)直指相關經費太少,「我們是小小非牟利研究所,覺得我們正肩負起非常重擔」。本報訊